机关行政事务管理委员会办公室主要负责机关20个职能部处、3个党群团组织、16个直属单位的公共行政事务管理与服务工作。

职能部处：主任办公室党委办公室、纪委监察室、党委组织部、党委宣传部、党委统战部、学工部、研究生院、教育处、人事处、离退休工作处、科学研究处、国际合作处、医院管理处、继续教育处、设备与实验室管理处、保卫处、审计室、计划财务处、国内合作委员会办公室 、学科建设办公室。

党群团组织：机关党委、工会、团委。

直属单位：图书馆、医药卫生分析中心、网络安全与信息化技术中心、学报（医学版）编辑部、中国药物依赖性研究所、北京大学医学教育研究所/北京大学全国医学教育发展中心、实验动物科学部、医学信息学中心、医学继续教育学院、北京大学健康医疗大数据国家研究院、北京大学医学部精准医疗多组学研究中心、档案馆、北京大学跨学部生物医学工程系、北京大学医学部医学技术研究院、北京大学国际癌症研究院、北京大学-云南白药国际医学研究中心。